Peter Thielen和Tom Mehoke花了数年时间对流感的基因组进行测序。现在，随着一种新型冠状病毒在全球范围内传播，来自约翰霍普金斯应用物理实验室的这些生物学家正在转变他们的工作，以便更好地了解导致COVID-19的病毒。
在分子诊断实验室约翰霍普金斯医院,医护人员和医院的工作人员工作时不知疲倦地处理病人测试,帝伦和Mehoke APL的研究和勘探开发部门和约翰霍普金斯大学卓越中心的流感研究和监测,正等待着积极的测试。当然，检测结果呈阳性并不值得庆祝，但对蒂伦和米霍克来说，这是进一步了解这种迅速传播的病毒的关键。
借助APL开发的部分软件和分子生物学方法，Thielen和Mehoke正在使用手持DNA测序仪对导致COVID-19的sars – cov -2
2病毒进行即时现场基因组测序。
“这些信息使我们能够追踪病毒的演变，”蒂伦说。“它让我们了解到巴尔的摩的新病例可能来自哪里，并让我们了解到传播可能在多长时间内未被发现。我们可以从中收集到很多信息。”
排在首位的是观察病毒如何快速突变
2整合信息以绘制其传播图谱的能力，以及开发一种有效疫苗的能力。例如，流感就会不断变异。这就是为什么有必要每年接种不同类型的流感疫苗。
蒂伦说，引起COVID-19的病毒似乎没有那么快地发生变异。
Thielen解释说:“当这种病毒在中国首次测序时，这些信息有助于开始开发疫苗的过程。”“我们所做的决定了病毒是否会从原始序列中变异，以及变异的速度有多快。根据突变率，早期数据表明，这可能是一种单一的疫苗，而不是像流感疫苗那样需要每年更新。”
在短期内，这些突变会告诉我们病毒是如何传播的。
图片说明:APL生物学家Tom Mehoke在约翰霍普金斯医院的分子诊断实验室回顾了导致covid19的SARS-CoV-2病毒的DNA测序分析。
图片来源:约翰霍普金斯大学APL / Ed Whitman
随着美国继续加强检测和缓解能力，了解疫情如何相互联系的能力为公共卫生部门提供了另一个评估工具。突变可以解释病毒未被检测到的时间有多长，以及可能出现的病例远远多于确诊病例的假设，还可以建议采取什么措施(例如在全国范围内正在进行的社会隔离努力和关闭)。
全球各地的科学家正在对这种病毒的基因组进行测序，以追踪区域性疫情的源头。例如，在北加州，新闻报道表明，基因组测序已将湾区的疫情与大公主号游轮(Grand Princess cruise ship)联系起来，后者又与在华盛顿州发现的病毒联系起来，这种病毒可能来自中国。
这就是那种insight
2a型的DNA指纹，如果你愿意的话，你可以把它命名为60312a。随着巴尔的摩和华盛顿特区更多的病毒基因组被测序，Thielen和Mehoke将获得这种指纹。
他们已经完成了对前四份covid19样本的分析，其中有100份来自巴尔的摩/华盛顿特区，预计在未来几周还会有更多。
Thielen和Mehoke使用手持测序仪和笔记本电脑进行远程操作，需要等待几天才能传输结果。但是，在上周末，他们验证了一种新方法，可以让已经进行诊断测试的医院工作人员当天就可以完成
2one的测序。
在过去的9个月里，蒂伦和梅霍克与美国国立卫生研究院福格蒂国际中心(National Institutes of Health Fogarty International Center)举办了两次研讨会，帮助培训来自低收入和中等收入国家的科学家如何使用手持测序仪来完成这项工作。最近的一次研讨会实际上是在上周举行的，当时他们在美国本土培训研究人员，让他们在自己的实验室里进行同样类型的现场测序。
蒂伦说:“我们这样做是为了让尽可能多的研究人员做好准备，以应对未来可能发生的流感大流行。”“在这里。”
发布在《健康，科学+技术》上
标记应用物理实验室，基因组学，apl，冠状病毒
新闻旨在传播有益信息，英文原版地址：https://hub.jhu.edu/2020/03/30/covid-19-gene-sequencing/