一个intercampus研究团队在纽约康奈尔和威尔康奈尔医学已经获得五年,365万美元的赠款从美国国立卫生研究院(NIH)发展快速,廉价的方法,准确地诊断尿路感染(UTI)在肾移植患者中,通过尿液中游离DNA的分子分析。
该团队由梅尼格生物医学工程学院助理教授Iwijn De Vlaminck领导，还有生理学和生物物理学副教授Christopher Mason和威尔康奈尔医学院定量预测世界定量计划的联合主任，以及Darshana Dadhania博士，他是威尔康奈尔医学院的医学副教授，也是威尔康奈尔医学院和纽约长老会医院/威尔康奈尔医学中心肾脏和胰腺移植项目的医学主任。
研究人员的工作得到了康奈尔大学学术整合计划的支持，该计划旨在促进威尔康奈尔医学、康奈尔科技和伊萨卡校区之间的合作，以推进整个大学社区的研究和创新。
这两名研究人员于2017年在参加RNA生物学研讨会(RNA Biology Symposium)时相遇，这是一项由Academic Integration赞助的校园间活动。该团队随后获得了两笔该项目的种子基金，并在2019年发表了两篇论文，并获得了NIH的这一奖项。
De Vlaminck说:“这个试点项目在帮助我们继续促进合作和吸引其他人来支持更多的研究项目方面非常重要。”“最终，这真的让我们能够从一个较小的项目跳到这个大项目。”
尿路感染是每年1.5亿人的常见并发症，包括1.5万多名接受肾移植的患者。在这项研究中，研究人员将对300名肾移植患者进行前瞻性队列研究。
利用他们之前开发的技术，该团队将对移植后六个月多处采集的尿液样本进行细胞游离DNA测序，寻找UTI的基因组证据。此外，他们还将量化泌尿系统的病原体是否会对特定器官造成损伤，这对于可能面临器官排斥的移植患者来说是一个特别的问题。
Dadhania说:“肾移植受者是这项研究的理想队列，因为他们的免疫抑制状态更容易感染，未被识别或未被治疗的感染可能导致肾衰竭。”
游离DNA (cfDNA)是从细胞中释放出来并在全身循环的微小DNA片段。它们可以来自宿主的细胞，也可以来自细菌和病毒。在肾移植和UTI的情况下，患者的尿液中可能含有导致感染的细菌的cfDNA。
目前诊断UTI的标准是尿液培养，但并非所有病原体都在培养中生长，导致一些感染未被诊断或误诊。如果能够对这些细菌的cfDNA进行排序，就能提供一个明确的诊断，深入了解到底哪些病原体存在，甚至是它们源自于什么器官。
梅森说:“尿液是一种动态的、信息丰富的分子读出体内正在发生的事情。”梅森也是威尔康奈尔医学院阿尔瓦利德·本·塔拉勒·本·阿卜杜勒阿齐兹·阿勒沙特王子计算生物医学研究所计算生物基因组学的副教授。“那里有什么，它从哪儿来的?”是肾脏感染还是膀胱感染?它对抗生素有抗药性吗?我们正在开发一种工具，能够回答所有这些问题。”
其目标是开发一种方法来检测大范围微生物的存在或缺失。
“它非常强大，”德·弗拉姆克说。“除此之外，还有我们可以识别的宿主损伤，以及其他类似抗生素耐药性的事情也经常在序列水平上发生。所以会产生大量的信息。”
“分子监测肾移植受者率先在威尔康奈尔医学和nih资助的专门研究的焦点,”博士说共同Manikkam Suthanthiran,斯坦顿Griffis杰出的医学教授兼首席肾脏病学会高血压和移植医学威尔康奈尔医学和纽约长老会/威尔康奈尔医学中心。“我们很高兴，我们正在进行的异体肾受者尿细胞mRNA图谱研究将通过尿细胞游离上清DNA图谱来补充。”
威尔康奈尔医学院的合作研究者包括苏坦thiran;病理学和检验医学副教授拉尔斯·韦斯特宾;Michael Satlin博士和John Lee博士，医学博士’ 07，都是医学助理教授。
除了De Vlaminck，康奈尔大学的助理教授和Meinig生物医学工程学院孟家族150周年纪念生物医学工程研究员Ilana Brito也做出了贡献。
杰瑞·克拉克是威尔·康奈尔医学院的自由撰稿人。
新闻旨在传播有益信息，英文原版地址：http://news.cornell.edu/stories/2020/10/intercampus-team-develop-post-transplant-uti-diagnosis