生物信息学小组的目标是简化COVID-19检测的开发
作者:Heather Ferreyra
，大米新闻特别报道
水稻计算机科学家托德·特朗根(Todd Treangen)的生物信息学研究组正在与分子诊断公司大盆地科学公司(Great Basin Scientific)合作，优化SARS-CoV-2病毒RNA分子检测分析的设计和计算评估。SARS-CoV-2是导致COVID-19的病原体。共同开发伙伴关系的目的是简化健壮和基因稳定的COVID-19检测的开发和商业化。
托德Treangen
Treangen是水稻6037s布朗工程学院计算机科学助理教授，也是COV-IRT国际研究团队的联合领导，该团队最近举行了第二次关于最新突破的国际研讨会。
的Treangen lab’s COVID-19诊断小组,由博士生尼古拉·Sapoval博士后科学家狮子座Elworth Treangen,称为OliVar开发了新型生物信息学软件,允许研究人员和试验开发人员和设计自动化检测目标区域的病毒基因组突变的最低频率。该软件有助于设计高质量的分子检测分析，专门针对高基因组稳定性的区域。识别稳定基因组区域的能力有助于确保对自然中经常突变和进化迅速的病毒基因组的检测寿命和稳定期。
OliVar团队的其他成员包括软件工程师Bryce Kille以及博士生刘云西和傅奕磊。
” Treangen说:“与大盆地的这一令人兴奋的合作将使我的研究小组开发的计算方法和软件能够直接为快速、灵敏和负担得起的SARS-CoV-2和新兴病原体的检测和监测做出贡献。”
盐湖城市大盆地是使用OliVar-generated引物和探针设计优化、测试、验证和纳入其大盆地SARS-CoV-2直接测试,一个逆转录聚合酶链反应测试目前在后期开发,旨在检测SARS-CoV-2 RNA直接从上呼吸道病人标本。预计该公司将在今年晚些时候寻求美国食品和药物管理局(Food and Drug Administration)批准该测试的紧急使用。
希瑟·费雷拉(Heather Ferreyra)是莱斯大学计算机科学系的公关和营销专家。
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