NSF快速拨款支持COVID-19 ‘计算管道’

计算机科学家Lydia Kavraki项目将成为疫苗开发的工具

由Patrick Kurp
特别大米新闻

莱斯大学诺亚·哈丁计算机科学教授莉迪亚·卡瓦拉基(Lydia Kavraki)获得了美国国家科学基金会(NSF)的一项快速反应研究拨款，用于实施一个计算程序，帮助识别SARS-CoV-2病毒蛋白质片段，这些片段可以用作疫苗开发的靶点。

Kavraki同时也是生物工程、电子和计算机工程以及机械工程的教授，他说:“已经在努力生产新的药物抑制剂，重新使用现有药物并设计COVID-19的联合治疗方法。”

丽迪雅Kavraki

与此同时，疫苗的开发既针对病毒包膜蛋白的中和抗体，也针对基于t细胞淋巴细胞的长期细胞介导免疫，”她补充说。“t细胞反应对于对抗病毒感染特别重要，因为它们可以发现并清除被感染的细胞。”

这笔119,747美元的拨款将资助Kavraki的题为“基于结构鉴定具有诱导广泛保护性免疫潜力的sars衍生肽”的提案。NSF的快速反应赠款“用于开展非医学、非临床护理研究，可立即用于探索如何建模和了解COVID-19的传播”。

Kavraki建议开发一个计算管道，以帮助识别保存在不同菌株SARS-CoV中的肽，并提供对病毒的保护性细胞免疫。她的策略是将基于序列的方法结合起来，对与人类白细胞抗原(HLA)受体结合的多肽进行结构建模和分析。

HLAs将肽显示给t细胞淋巴细胞，而这一管道将使鉴定保守的t细胞识别“热点”成为可能。

Kavraki说:“一些研究人员的目标是找到病毒肽，如果在疫苗中使用，可以提供对多种SARS-CoV-2毒株的保护性免疫。”“我们的项目仅限于计算建模组件，我们希望它能为未来的疫苗开发工作提供信息。”