CTBP和其他公司将从秋季上线的petaflop系统中获益
AMD公司将向莱斯大学捐赠一台千万亿次超级计算机，以加速与流行病有关的研究。
今天，该公司宣布向纽约大学和波士顿麻省理工学院捐赠类似的礼物。
彼得Rossky
”学院自然科学学院院长Peter Rossky说，AMD的礼物将真正转变Rice’s对COVID-19的计算攻击，他领导了Rice’s获得一个令人垂涎的高性能计算(HPC)集群的努力。我们有了进步的方法，但对大型复杂系统的研究处于计算可行性的前沿。AMD的贡献是专注的，最先进的计算能力将加速战胜这种病毒的进程。”
HPC集群是通过专门的高速网络连接的计算节点的集合。每个节点都是一台功能强大的计算机，快速互联允许节点在需要大量计算的问题上协同工作。HPC集群是通过每秒钟执行多少次FLOPs (“浮点运算s”，如加法、乘法或除法)来度量的。
AMD今天宣布的每一个大学系统都有望提供超过1千万亿次的运算能力，这意味着雅6037ll每秒钟能够执行的数学运算的数量超过1千万亿次，或者说1后面有15个零。
罗斯基是一位理论化学家，他在自己的研究中使用了高性能计算资源。他说，AMD的系统将使Rice’s的高性能计算能力提高两倍，任何学校或部门的教师都可以使用。他说，新系统预计将在今年第三季度上线，将允许COVID-19研究，否则这将是不可能的。
举例来说，如果你想真正筛选药物，你需要强大的计算能力，因为COVID-19有大量的蛋白质可以作为目标，而且有大量的候选药物，” Rossky说。
CTBP的研究人员使用基因测序数据来计算冠状病毒蛋白的预测结构(左)，并使用模型(中)分析候选药物化合物与每个结构的结合情况(右)，该模型结合了CTBP’s的最小挫折和漏斗状能量格局的前沿理论的原则。(图片由陈明晨/CTBP/莱斯大学提供)
这正是Rice’s的Peter Wolynes在1月份开始进行的研究，几周之后，美国报告了首例冠状病毒病例。中心主任Wolynes Rice’s国家科学基金会赞助了理论生物物理学(联合体),从他的基本使用原则理论的蛋白质折叠预测冠状病毒的结构蛋白和识别药物适合使用临床试验基础上如何绑定到这些蛋白质的表面。他的团队已经分析了几百种药物，他说新的系统将大大加快这一过程。
“中心副主任Jose Onuchic说，这台新电脑将会改变CTBP的游戏规则。“我们正在努力揭示COVID-19的根本弱点，并为治疗提供科学依据。此外，这种新的计算能力将使蛋白质、基因组、调控基因网络和活性生物物质的其他项目成为可能
Onuchic还在进行COVID-19研究，新病毒群将加速这一研究。以他之前对甲型流感的研究为指导，他的团队正在探索冠状病毒6037s表面蛋白如何促进进入人体细胞，这是感染的关键第一步。
赖斯、纽约大学和麻省理工学院的项目是AMD总裁兼首席执行官苏利萨(Lisa Su) 4月份宣布的1500万美元COVID-19高性能计算基金的首批捐赠。
” Su说，“AMD很自豪能够捐赠技术，帮助科学家和研究人员努力抗击COVID-19全球大流行。“通过此次AMD HPC基金的捐助，我们希望增进对新型冠状病毒的了解，并探索治疗COVID-19和保护全球社会健康的方法
Rice集群的每个节点将使用一个第二代AMD EPYC处理器和8个Radeon Instinct MI50图形处理单元加速器。AMD正在与HPC系统集成商Penguin Computing合作，以加速大学系统的部署。
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