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Giant squid’s full genome revealed, providing clues about mysterious creature

这种巨型乌贼可以长到校车那么大,眼睛有餐盘那么大,它很少被发现,也从未被捕获并存活过——这意味着它的生物学(甚至它们是如何繁殖的)在很大程度上仍然是一个谜。但随着乌贼全基因组序列的公布,科学又向前迈进了一大步。

这项具有里程碑意义的研究是由哥本哈根大学领导的一个团队进行的,该团队包括海洋生物实验室的科学家卡罗琳·阿尔贝丁(Caroline Albertin),她是芝加哥大学(University of Chicago)的博士生。

“基因组是回答这些非常奇怪的动物的生物学上的许多问题的第一步,”Albertin博士说,“比如他们如何获得无脊椎动物中最大的大脑,他们复杂的行为和敏捷性,以及他们难以置信的瞬时伪装技能。”


研究小组发现,巨型乌贼(大王乌贼)的基因组很大:据估计有27亿个DNA碱基对,大约是人类基因组的90%。

“就基因而言,我们发现巨型乌贼和其他动物很像。这意味着我们可以研究这些真正奇怪的动物来更多地了解我们自己,”Albertin说,他在2015年领导了一个团队,对头足类动物(包括乌贼、章鱼、墨鱼和鹦鹉螺)的第一个基因组进行排序。

阿尔伯丁分析了几个古老而著名的巨型乌贼的基因家族,并将其与其他四种已被测序的头足类动物和人类基因组进行了比较。

她发现几乎所有动物的重要发育基因(Hox和Wnt)都只存在于巨型乌贼的基因组中。这意味着这种巨大的无脊椎动物——长时间是海怪的源头——并没有通过全基因组复制而变得如此庞大,而进化很久以前就采取了这种策略来增加脊椎动物的体积。

因此,了解这个物种是如何变得如此巨大的,还需要进一步探索它的基因组。

虽然头足类动物有许多复杂精细的特征,但它们被认为是独立于脊椎动物进化而来的。通过比较它们的基因组,我们可以问:“头足类和脊椎动物的构造是一样的,还是不同?””Albertin说。

阿尔伯丁还在巨乌贼的基因组中发现了100多个原生粘蛋白家族的基因,这些基因通常在无脊椎动物中并不多见。

她说:“人们认为原生粘质在正确连接复杂的大脑方面很重要。”“它们被认为是脊椎动物的创新,所以当我们(在2015年)在章鱼基因组中发现超过100个的时候,我们真的很惊讶。”这看起来就像一个确凿的证据,证明你可以做出一个复杂的大脑。我们在大乌贼身上也发现了类似的原生粘质扩张。”


最后,她分析了一个迄今为止头足类动物独有的基因家族,叫做reflectins。“反射蛋白编码一种产生彩虹色的蛋白质。颜色是伪装的重要组成部分,所以我们试图了解这个基因家族在做什么,它是如何工作的,”Albertin说。

“拥有这个巨型乌贼的基因组是帮助我们理解什么使头足类动物成为头足类动物的一个重要节点。它还可以帮助我们了解新的和新的基因是如何在进化和发展中出现的。”

该团队由哥本哈根大学的Rute da Fonseca领导。

海洋生物实验室致力于科学发现——探索基础生物学,了解海洋生物多样性和环境,通过研究和教育了解人类状况。MBL成立于1888年,位于马萨诸塞州的伍兹霍尔,是一家私立非营利性机构,隶属于芝加哥大学。

引用:Rute R. da Fonseca等人(2020年)的一份难以捉摸的巨型乌贼的基因组草图,大王乌贼。GigaScience, DOI: 10.1093 / GigaScience / giz152

资助:Villum Fonden、葡萄牙科学基金会、欧洲区域发展基金、Wellcome Trust、Lundbeck基金会、欧洲分子生物实验室、Novo Nordisk基金会、David和Lucile Packard基金会、荷兰科学研究组织、Deutsche Forschungsgemeinshaft、VEGA、国家科学基金会。

——改编自海洋生物实验室网站上首次发表的一篇文章。

新闻旨在传播有益信息,英文原版地址:https://news.uchicago.edu/story/giant-squids-full-genome-revealed-providing-clues-about-mysterious-creature